Pendidikan ilmu fardu ain merupakan ilmu terawal yang diperlukan dalam dunia pendidikan bagi seseorang pelajar. Pendidikan ilmu fardu ain yang berkesan kepada para pelajar dapat membentuk keperibadian seorang pelajar. Manakala mengabaikan ilmu fardu ain boleh menjerumuskan ke arah keruntuhan akhlak. Secara asasnya yang dimaksudkan dengan ilmu fardu ain adalah mempelajari suatu kadar daripada ilmu agama yang diperlukan iaitu yang terdiri daripada akidah, bersuci, solat, puasa, zakat bagi orang yang diwajibkan untuk mengeluarkannya, haji bagi orang yang berkemampuan, maksiat-maksiat hati, tangan, mata dan sebagainya.
Pendidikan ilmu fardu ain kepada para pelajar melahirkan pelajar:
KIIS mewajibkan kepada semua pelajar untuk mengikuti kelas pengajian kitab tanpa ada pengecualian. Kesemua pelajar akan duduk bersama-sama bersimpuh menadah kitab dari seorang guru seperti mana pengajian di pondok yang menekankan pengajian secara bertalaqqi iaitu menadah kitab dari kulit ke kulit dari seorang guru. Pengajian akan dibahagikan kepada dua bagi sesi menengah rendah dan menengah atas yang akan berlangsung selama satu jam bagi setiap sesi di dewan/surau.
Ringkasan Abdillah al-Haroriy yang menekankan ilmu fardu ain yang terdiri daripada ilmu aqidah, fekah dan juga tasawwuf.